Theo VASEP, phương thức thông quan điện tử chưa được như mong đợi của doanh nghiệp mà còn vướng nhiều khó khăn đối với hàng hóa thủy sản xuất nhập khẩu. Đó là khó khăn về việc sửa tờ khai, trong việc hàng hóa xuất khẩu đã qua khu vực giám sát; việc quy định mã cảng chưa thống nhất, doanh nghiệp phải khai báo nhiều thông tin không cần thiết và trục trặc; không mở được tờ khai nhập khẩu do lỗi hệ thống VNACCS.

Cục Giám sát Quản lý về hải quan ghi nhận các vấn đề trên và tổng hợp, tập hợp các vướng mắc để gửi cho tổng cục. Các trường hợp cụ thể của  doanh nghiệp không mở được tờ khai nhập khẩu, không được ân hạn thuế 275 ngày, lô hàng xuất nhập bị hải quan kiểm hóa 90%, dữ liệu bị lệch ngày thực tế với ngày trên hệ thống làm ảnh hưởng đến việc thanh khoản của doanh nghiệp, cục sẽ có biện pháp giải quyết, xử lý kịp thời.

Tổng cục Hải quan cho biết bên cạnh kết quả tích cực, việc triển khai hệ thống VNACCS/VCIS trong thời gian qua vẫn còn bộc lộ một số vướng mắc, phát sinh do hệ thống VNACCS/VCIS là hệ thống mới, cả công chức hải quan lẫn doanh nghiệp đều còn bỡ ngỡ, sử dụng chưa thực sự thành thạo. Ngoài ra, một số vướng mắc phát sinh do quy trình, hướng dẫn chưa đầy đủ, máy móc trong xử lý công việc và một số phát sinh do lỗi kỹ thuật đang tiếp tục khắc phục. Tuy nhiên, theo phản ánh của doanh nghiệp, trong thời gian qua, một số ít cán bộ, công chức hải quan đã nhân cơ hội này đổ lỗi cho việc triển khai hệ thống mới, có tác phong làm việc thiếu hợp tác, thiếu tinh thần trách nhiệm, gây phiền hà, khó khăn cho doanh nghiệp. 

Tổng cục Hải quan cũng đã ban hành công văn về hướng dẫn việc khai báo số container đối với hàng hóa xuất khẩu trên hệ thống VNACCS làm cơ sở để xác nhận hàng qua khu vực giám sát. Theo đó, hàng hóa xuất khẩu bằng container mà tại thời điểm khai báo xuất khẩu doanh nghiệp không có số container hoặc không khai báo bổ sung được số container trên hệ thống thì sau khi đóng hàng vào container doanh nghiệp thực hiện việc lập bảng kê số container của tờ khai xuất khẩu, ký, đóng dấu xác nhận của doanh nghiệp để xuất trình tại khu vực giám sát cửa khẩu xuất (doanh nghiệp tự chịu trách nhiệm về danh sách container này).