Theo đó, thanh tra tại Công ty CP Y khoa Hoàn Mỹ, Cục thuế truy thu thuế thu nhập cá nhân và phạt vi phạm hành chính 114 tỉ đồng, trong đó truy thu thuế 104 tỉ đồng.
Thanh tra tại công ty Phở 24, Cục thuế truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp đối với Công ty Cổ phần Thương mại nhà hàng Nam An và thuế thu nhập cá nhân của 6 thành viên khi chuyển nhượng cổ phần trong công ty Phở 24 với tổng số tiền là 18 tỉ đồng.
Trước đó, hai cái tên Phở 24 và Y khoa Hoàn Mỹ đã có trong danh sách bị nghi trốn thuế được UBND TP HCM gửi Bộ Tài chính để kiến nghị về cơ chế, chính sách trong việc quản lý thu thuế đối với hoạt động chuyển nhượng vốn, nhượng quyền thương mại.
Vụ việc của Phở 24 bắt đầu từ năm 2008. Vào tháng 9 năm đó, công ty này có 6 cá nhân chuyển nhượng vốn, có phát sinh chênh lệch lớn giữa giá chuyển nhượng và giá vốn, tức là, có phát sinh thu nhập nhưng không kê khai với cơ quan thuế và chưa kê khai nộp thuế thu nhập cá nhân.
Năm 2011, thương hiệu Phở 24 được chuyển nhượng cho Công ty Việt Thái Quốc Tế (chủ Highlands Coffee), với giá 20 triệu USD (khoảng 420 tỉ đồng), trong khi giá vốn chỉ một tỉ đồng. Công ty Việt Thái Quốc tế sau đó tiếp tục bán 50% cổ phần tại Phở 24 cho một công ty của Philippines (chủ thương hiệu thức ăn nhanh Jollibee) với mức giá công bố là 25 triệu USD.
Thanh tra tại Y khoa Hoàn Mỹ, Cục thuế cho biết doanh nghiệp này đã thành lập nhiều công ty, nhiều chi nhánh, thay đổi nhiều địa điểm kinh doanh… khiến cho việc chuyển nhượng diễn ra lòng vòng. Cụ thể, Y khoa Hoàn Mỹ đã có ít nhất 3 lần chuyển địa điểm, 4 lần thành lập chi nhánh và 7 lần thay đổi giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, vốn điều lệ cũng thay đổi từ 118 tỉ đồng lên 155 tỉ đồng. Mặc dù, công ty này đã kê khai việc chuyển nhượng vốn theo quy định nhưng một số cổ đông của doanh nghiệp này lại kê khai không đầy đủ thuế thu nhập cá nhân của lần chuyển nhượng trong năm 2011.
Cũng theo Cục thuế TP HCM, các trường hợp trên trên chỉ là hai trong số 2.899 doanh nghiệp mà đơn vị này đã thanh tra, kiểm tra thuế trong 3 tháng đầu năm. Số thuế truy thu và phạt trong thời gian này 1.072 tỉ đồng, bằng 143,8% so cùng kỳ năm 2013, đã đưa nộp vào ngân sách 371 ti đồng, giảm lỗ là 1.588 tỉ đồng và giảm khấu trừ thuế giá trị gia tăng 70 tỉ đồng.
