Lee Young Ae đã kết hôn với doanh nhân Jung Ho Young vào năm 2009 tại Hawaii. Cặp đôi này đã yêu nhau 10 năm, từ khi Lee còn chưa nổi tiếng trong làng giải trí. Chuyện tình này giấu kỹ tới mức không có nhiều người biết, kể cả những ai thân thiết với họ. Dù làm việc ở hai nước khác nhau, mối tình của họ vẫn rất keo sơn
Sau khi mang thai, do tuổi khá cao (40) nên Lee Young Ae chủ yếu ở nhà để chuyên tâm vào chế độ dinh dưỡng, cũng như luyện tập cho thai nhi trong suốt thời gian mang bầu.