Theo đánh giá của một chuyên gia tài chính, việc phân loại hàng hóa của các doanh nghiệp còn chênh so với Hải quan do nhiều nguyên nhân khác nhau như: doanh nghiệp mới tham gia vào thị trường xuất nhập khẩu, hoặc cố tình áp sai mã để giảm thuế. Tuy nhiên, nguyên nhân phổ biến hiện nay là do doanh nghiệp chưa cập nhật đầy đủ về kiến thức trong việc phân tích phân loại hàng hóa.

Bên cạnh đó, tình trạng doanh nghiệp kết cấu với đối tác nước ngoài làm giả hồ sơ, khai báo cao hơn thực tế một số mặt hàng có thuế nhập khẩu bằng 0% để giảm trị giá tính thuế các mặt hàng có thuế suất nhập khẩu cao cũng được sử dụng để gian lận thuế. Nhiều trường hợp doanh nghiệp còn khai báo sai tổng trọng lượng linh kiện (xảy ra nhiều đối với mặt hàng linh kiện ô tô nhập khẩu). Thậm chí, cùng một loại linh kiện, tại các hồ sơ hải quan khác nhau, doanh nghiệp áp mã không đồng nhất.

Nhiều doanh nghiệp còn lợi dụng ưu đãi thuế dành cho việc nhập nguyên phụ liệu để sản xuất hàng xuất khẩu để nhập nhiều hàng rồi lại quay vòng xin chuyển tiêu thụ nội địa. Trường hợp này gặp nhiều ở Đồng Nai và Bình Dương (nơi có nhiều khu công nghiệp, khu chế xuất). Lý do được đưa ra là số nguyên phụ liệu nhập để sản xuất hàng xuất khẩu còn thừa. Thâm chí có những trường hợp doanh nghiệp tự ý tiêu thụ nguyên phụ liệu gia công, sản xuất xuất khẩu để trốn thuế.

Nhiều doanh nghiệp lợi dụng ban đêm hoặc ngày nghỉ vận chuyển nguyên phụ liệu, hàng hóa thành phẩm ra tiêu thụ nội địa. Hải quan Bình Dương đã phát hiện hàng loạt vụ vi phạm với số tiền thuế truy thu lên tới cả trăm tỷ đồng, trong đó tập trung vào mặt hàng may mặc và da giày.

Bên cạnh đó, một số ý kiến khác cho rằng Hải quan còn buông lỏng việc xác định lại trị giá tính thuế, tỉ giá tại thời điểm chuyển tiêu thụ nội địa. Do vậy, doanh nghiệp lợi dụng để trốn thuế. Đơn vị Hải quan nên căn cứ vào thời điểm doanh nghiệp chuyển đổi mục đích sử dụng để xác định số thuế phải nộp: thuế suất, tỉ giá, tính tại thời điểm đó. Một lý do nữa được đơn vị hải quan địa phương nêu ra biểu thuế nhập khẩu ưu đãi tuy đã được sửa đổi theo hướng tích cực, nhưng các mặt hàng có tên gọi hoặc phạm vi sử dụng tương tự nhau vẫn có mức thuế suất chênh lệch và chưa có tiêu chuẩn phân biệt dẫn đến tranh chấp, khiếu kiện kéo dài…