Do số lượng DN quá đông, trong đó có nhiều DN quy mô nhỏ nên việc thực hiện chính sách rất phức tạp và tốn nhiều thời gian quản lý. Mỗi năm, TP có gần 1/3 số lao động đóng BHXH và bảo hiểm thất nghiệp thay đổi; bình quân có trên 600.000 lao động nghỉ việc (phải chốt sổ BHXH) và 660.000 lao động tăng mới (phải cấp sổ mới).
BHXH TP cũng cho biết tình trạng vi phạm pháp luật về BHXH, BHYT, bảo hiểm thất nghiệp còn diễn ra phổ biến, đặc biệt là nợ phát sinh. Việc ứng dụng công nghệ thông tin để làm thủ tục nộp tại các DN hạn chế, nhất là các DN nhỏ lẻ chưa coi trọng việc thực hiện giao dịch điện tử. Do quy mô nhỏ, mức nợ từng DN không lớn đến mức phải kiện hoặc chưa thể triển khai mở rộng thanh tra nhưng có quá nhiều DN nợ nên tổng số nợ cũng rất cao.
Từ năm 2008 đến cuối năm 2014, BHXH TP đã kiện 3.959 DN, thu hồi 850 tỉ đồng (đạt 68,8%). Sáu tháng đầu năm 2015, đã kiện 495 DN nợ, thu hồi 20%.
