Để đảm bảo cuộc thi được diễn ra an toàn và hiệu quả, BTC đã chia các quận/huyện thành 2 bảng A và B. Mỗi bảng gồm 21 tỉnh thành và bắt đầu thi từ 8 giờ ngày 06-3 đến 17 giờ ngày 11-3. Năm học 2012 – 2013, BTC Cuộc thi ViOlympic đã áp dụng hình thức mới là “Khóa tài khoản giáo viên” từ kỳ thi cấp trường, giúp tăng tính bảo mật của cuộc thi. Cuộc thi kết thúc trong thời gian 60 phút. Mỗi bài thi bao gồm 8 game flash vui nhộn và 2 bài thi website đòi hỏi khả năng tư duy logic của các em.
Với hình thức mới “Tạo mã đề thi”, BTC sẽ kiểm soát được tính bảo mật của đề thi với từng quận/ huyện, đảm bảo không bị lộ đề, giúp lựa chọn những thí sinh ưu tú nhất tham gia vòng thi cấp tỉnh, dự kiến sẽ tổ chức vào ngày 18 và 25-3-2013.
Lần thứ 5 tổ chức, Cuộc thi ViOlympic đã vượt mốc 10 triệu thành viên và phổ biến tới hơn 1.000 huyện thuộc 63 tỉnh thành trên cả nước với tất cả 19 vòng thi. Sau các vòng thi tự do, vòng thi cấp trường, cấp quận (huyện) và cấp tỉnh, những thí sinh xuất sắc sẽ được tham gia kỳ thi cấp quốc gia được tổ chức vào ngày 23-4. Vòng thi cấp quốc gia dành cho học sinh lớp 5, 9, 11 sẽ được tổ chức cùng một thời điểm trong cả nước. Bộ Giáo dục & Đào tạo là đơn vị chỉ đạo thành lập Hội đồng ra đề cấp quốc gia cho vòng thi này.