Katie đệ đơn ly dị sau 5 năm chung sống, chuyện giới tính của Tom lại trở thành đề tài bàn cãi và nhiều người cho rằng ngôi sao Nhiệm vụ bất khả thi bị gay nên mới đổ vỡ hạnh phúc 3 lần.
Tờ Blindgossip tiết lộ Tom Cruise có quan hệ đồng tính với cầu thủ bóng đá danh tiếng David Beckham.
Tom Cruise và David Bekham trở thành đôi bạn thân từ lần gặp nhau vào năm 2003. Grant Wahl - người viết cuốn tiểu sử của David có tên The Beckham Experiment đã mô tả tình bạn thắm thiết giữa Tom và David. Tom đã thuyết phục được cầu thủ nổi danh này đến ở cạnh biệt thự của Tom - Katie ở Beverly Hills và đầu quân cho đội LA Galaxy. David và Vicotria thường xuất hiện trong các sự kiện quảng bá phim của Tom.
Thậm chí, con trai thứ ba của David có tên Cruz. Theo tâm sự của David thì khi gặp Tom anh đã nói nhỏ với Victoria rằng: "Cruise là cái tên thật tuyệt nhưng chúng ta có thể phát âm khác đi. Ở Tây Ban Nha, Cruz được phát âm là Cruise. Vậy tại sao chúng ta không chọn cái tên này?"
Tình bạn giữ Tom và David bền bỉ qua nhiều năm và thường thân thiết khi không có các bà vợ. Hai người đều khen ngợi nhau rất nhiều khi trả lời phỏng vấn với báo chí, trên truyền hình... Tom cũng mong muốn David gia nhập Scientology nhưng không thành công vì Victoria sùng đạo của cô ấy.
Trước tin đồn đồng tính, cả Tom và David đều chưa từng lên tiếng nên dư luận vẫn không biết thực hư thế nào.
Riêng những xì-căng-đan giới tính trước đây của Tom luôn kết thúc bằng kiện tụng. Năm 2003, Tom nhận được 10 triệu USD tiền bồi thường từ một ngôi sao phim cấp 3 khi người này tung tin Tom có quan hệ tình dục với anh ta. Sau đó, Tom khởi kiện Michael Davis - ông chủ tạp chí Bold Magazine và đòi bồi thường 100 triệu USD bởi ông này loan tin rằng có clip giường chiếu đồng tính của nam diễn viên.
Ngoài chuyện giới tính, Tom còn bị tố đã cưới vợ để che giấu giới tính và thực hiện các hợp đồng hôn nhân có tính toán. Tất cả chuyện cưới xin của Tom đều do giáo phái bí ẩn sắp xếp, lựa chọn cẩn thận.