Theo ghi nhận của 9 to 5 Mac, một số nhà cung cấp ở nhiều nước khác nhau hiện nay đang thiếu các lô hàng iPhone 3GS. Một nhà bán lẻ quốc tế cũng đã báo cáo rằng iPhone 3GS đã bị loại bỏ trong danh sách bán hàng của công ty họ.

Trong trường hợp đối với các sản phẩm trước đó, Apple đã giảm hoặc ngưng số lượng các lô hàng sản phẩm của họ trước khi nâng cấp phiên bản mới. Điều này nhằm giảm thiểu hàng tồn kho của các thiết bị cần phải được bán, và Apple có xu hướng để hàng tồn kho không được gửi ra bày bán bên cạnh phiên bản mới tại Apple Store. Các nhà cung cấp iPhone Châu Âu cũng tuyên bố rằng số lượng sản phẩm iPhone 3GS hiện nay là rất ít, và một đại lý bán lẻ tại Mỹ cũng xác nhận điều này. Một nguồn tin liên quan đến việc vận chuyển hàng hóa trên phạm vi toàn cầu mới đây cũng cho biết iPhone 3GS của Apple hiện có số lượng kênh phân phối ít hơn so với bình thường.

Một lý thuyết được đặt ra là iPhone 3GS có thể nâng cấp lên một chút để trở thành một phiên bản điện thoại giá thấp hơn, và mô hình 3GS trước đó sẽ bị loại bỏ khi mô hình nâng cấp xuất hiện. Phiên bản nâng cấp có mức giá thấp với một số chi tiết kỹ thuật chấp nhận được.