Tám học sinh đậu thủ khoa là Nguyễn Mạnh Tiến (28,5 điểm; thi vào Trường ĐH Khoa học Tự nhiên), Trần Quang Huynh (29 điểm, thi vào Trường ĐH Y Dược TPHCM), Lê Minh Tuấn (29 điểm, thi vào Trường ĐH Ngoại thương cơ sở 2), Trần Ánh Minh (27,5 điểm; thi vào Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch), Nguyễn Huỳnh Luân (25,5 điểm; thi vào Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn), Trần Thúy Ngân (24 điểm, thủ khoa khối D1, Trường ĐH Luật TPHCM), 2 đồng thủ khoa Trường ĐH Kinh tế TPHCM là Phan Thiện Tôn và Dư Thân Huy (cùng tổng số điểm là 28,5). Ngoài ra, trường còn có 8 á khoa thuộc các trường ĐH Sư phạm, ĐH Sài Gòn, ĐH Luật TPHCM, ĐH Khoa học Tự nhiên.
Hiện Trường Phổ thông Năng khiếu TPHCM đang là trường dẫn đầu cả nước về số lượng học sinh giỏi đỗ thủ khoa và á khoa.
