Trong đó, các môn học được chọn để lồng ghép gồm: sinh học, địa lý, ngữ văn và giáo dục công dân. Để thực hiện, các trường cử một số giáo viên đi tập huấn trong thời gian ngắn rồi về trình bày lại trong tổ chuyên môn, sau đó mỗi giáo viên tự thực hiện tích hợp trong quá trình giảng dạy theo kế hoạch của trường.

Đây là một định hướng tốt nhằm thay đổi nhận thức hành vi của học sinh về giới và giới tính, giúp các em hiểu biết cơ bản những điều đang diễn ra ở tuổi vị thành niên, đồng thời hỗ trợ điều chỉnh thái độ để có hành vi tích cực hơn trong cuộc sống. Tuy nhiên, việc lồng ghép tích hợp gặp rất nhiều khó khăn.

Trước hết, giáo viên được cử đi tập huấn về báo cáo lại trong tổ nhưng khoảng thời gian rất có hạn; hơn nữa, không phải giáo viên nào cũng có kiến thức chuyên sâu, có hứng thú về vấn đề tích hợp trong quá trình dạy chính khóa. Quá trình dạy lồng ghép vì thế thường khô khan, ít hấp dẫn khiến hiệu quả không cao.

Tiếp nữa là với một tiết học 45 phút, đôi khi giáo viên chưa đủ để trình bày xong bài dạy nên việc dành thời gian tích hợp kiến thức bên ngoài là rất khó. Sự tích hợp gượng ép sẽ làm cho cả bài học và phần kiến thức được tích hợp rời rạc, thiếu logic. Vấn đề giới tính đối với tuổi vị thành niên là điều tế nhị. Giáo viên thường thiếu kinh nghiệm như những nhà tâm lý chuyên nghiệp để các em nghe và hiểu nên có thái độ coi thường hoặc không nghiêm túc khi giáo viên trình bày.

Giáo dục giới và giới tính cho tuổi vị thành niên là thực sự cần thiết nhưng nếu lồng ghép một cách khiên cưỡng như đang làm thì hiệu quả thực sự không đáng bao nhiêu mà thêm một áp lực nữa cho viêc dạy và học vốn đã rất căng thẳng.