Cấu trúc đề thi vẫn gồm hai phần chung và riêng. Phần chung sẽ ra theo nội dung giao thoa giữa chương trình chuẩn và chương trình nâng cao, phần riêng theo nội dung của chương trình chuẩn hoặc chương trình nâng cao. Học sinh có thể chọn một trong hai phần riêng để làm bài chứ không bắt buộc học theo chương trình nào phải làm đề riêng của chương trình đó.
Các môn cụ thể của kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2012 sẽ được Bộ GD-ĐT công bố vào cuối tháng 3.