Thanh tra tỉnh Khánh Hòa đã tiến hành 78 cuộc thanh tra và đã ban hành kết luận thanh tra 58 cuộc, dự thảo kết luận thanh tra 5 cuộc và 15 cuộc đang trong thời gian quy định quá thanh tra. Qua đó, lực lượng chức năng đã phát hiện sai phạm về kinh tế với số tiền hơn 216 tỉ đồng và 640 m2 đất.
Công an tỉnh Khánh Hòa đã khởi tố vụ án liên quan đến Trung tâm Kiểm soát Bệnh tật (CDC) Khánh Hòa
Liên quan đến chấp hành pháp luật trong công tác mua sắm, trang thiết bị, vật tư y tế, sinh phẩm, kit xét nghiệm, vắc-xin, thuốc phòng chống dịch COVID-19, Thanh tra đã phát hiện sai phạm với số tiền 204,5 tỉ đồng.
Cơ quan Thanh tra kiến nghị thu hồi nộp ngân sách Nhà nước hơn 8,7 tỉ đồng, kiến nghị xử lý khác hơn 74,8 tỉ đồng. Đặc biệt, Thanh tra tỉnh cũng chuyển cơ quan CSĐT số tiền sai phạm hơn 120,8 tỉ đồng để xử lý trách nhiệm 4 tổ chức thuộc Sở Y tế tỉnh Khánh Hòa.
Trước đó, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Khánh Hòa đã khởi tố vụ án hình sự "Vi phạm các quy định về hoạt động đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" xảy ra tại CDC Khánh Hòa, Công ty TNHH Phát triển Công nghệ ứng dụng Việt Nam (viết tắt là VNDAT) và các công ty, đơn vị, địa phương có liên quan.
Đồng thời, Cơ quan CSĐT cũng ra các Quyết định khởi tố bị can về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" đối với Huỳnh Văn Dõng (Giám đốc CDC Khánh Hòa), Trần Quốc Huy (Trưởng phòng Tổ chức - Hành chính CDC Khánh Hòa) và Nguyễn Thị Thúy (Giám đốc Phòng Dự án Công ty VNDAT; đã bị Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an khởi tố, bắt tạm giam trong một vụ án khác).
Thực hiện chỉ đạo của Huỳnh Văn Dõng (Giám đốc, Tổ trưởng Tổ chuyên gia đấu thầu CDC Khánh Hòa), Trần Quốc Huy được giao nhiệm vụ tổ chức mua sắm và thực hiện toàn bộ hồ sơ đấu thầu mua sắm kit test PCR. Huy đã cấu kết, thông đồng với Nguyễn Thị Thúy thực hiện trái pháp luật 5 gói thầu với tổng giá trị hơn 14 tỉ đồng cho CDC Khánh Hòa, gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền 9,86 tỉ đồng.