Cụ thể, nguồn lợi cá của đầm này đã giảm hơn 50%, thân mềm giảm 60%, giáp xác giảm 90% so với 5 năm trước. Một số loài thân mềm không còn thấy xuất hiện ở đây như: mực nang, mực lá, sò huyết, ốc sút…
Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Khánh Hòa thường xuyên thả thủy sản tái tạo nguồn lợi cho đầm Nha PhuĐầm Nha Phu tiếp giáp với 6 xã trong khu vực, gồm 5 xã thuộc thị xã Ninh Hòa và 1 xã thuộc TP Nha Trang. Đây là một trong những đầm lớn nhất tỉnh Khánh Hòa về đa dạng sinh học. Tuy nhiên, tác động lớn từ việc phá rừng ngập mặn để nuôi tôm, sử dụng nhiều loại công cụ mang tính hủy diệt đã làm mất cân bằng sinh thái, mất nơi quần cư, sinh sản của sinh vật và giảm chức năng lưu giữ trầm tích từ đất liền. Cùng với đó là sự suy giảm chất lượng môi trường, tiềm ẩn suy giảm đa dạng sinh học và những thiệt hại trong khai thác, nuôi trồng thủy sản.
UBND tỉnh Khánh Hòa đã chỉ đạo Chi cục Bảo vệ khai thác nguồn lợi thủy sản phối hợp với thị xã Ninh Hòa xây dựng đề án nhằm bảo tồn và phát triển đầm Nha Phu trên cơ sở xây dựng một chương trình tổng thể, can thiệp sâu rộng vào các lĩnh vực nuôi trồng, khai thác, tạo sinh kế cho người dân… Tuy nhiên, đề án tổng thể vẫn còn đang trong giai đoạn soạn thảo, đòi hỏi nguồn kinh phí rất lớn.