Jennifer khởi đầu sự nghiệp là một người mẫu nhí và xuất hiện trong một số chương trình quảng cáo của JCPenney, Montgomery Ward cũng như chiến dịch thương mại cho Rice Krispies và Mondos. Sau đó, Jennifer tham gia phim Intersection và đảm nhận vai nữ chính đầu tiên trong phim Urban Legends: Final Cut. Tiếp theo, người đẹp này được xuất hiện liên tiếp trong những phim đình đám Grind, Surviving Christmas, Mr. & Mrs. Smith, Star Trek, Table for Three…
Trên truyền hình Jennifer cũng xuất hiện trong một số chương trình: Touched by an Angel, Dawson"s Creek...
Jennifer Morrison từng được bình chọn trong danh sách 10 ngôi sao truyền hình quyến rũ nhất bởi TV Guide năm 2007. Cô cũng từng tham gia chụp hình cho nhiều tạp chí danh tiếng: In Style, Stuff, Entertainment Weekly, Premiere.