Theo cáo buộc, tổng thanh tra Bộ Quốc phòng đang xem xét thông tin liên lạc giữa tướng John Allen, chỉ huy trưởng của lực lượng Hỗ trợ An ninh quốc tế (ISAF) tại Afghanistan, và Jill Kelley, người có liên quan đến vụ bê bối qua e-mail khiến Petraeus từ chức vào tuần trước. Theo một quan chức cấp cao của Bộ Quốc phòng Mỹ (giấu tên) cho biết, các bộ phận kiểm ra hiện đang xem xét 20.000 đến 30.000 tài liệu được mô tả như là email trao đổi giữa Allen và Kelley, một người quen của Petraeus.
Nếu Allen thực sự có một mối quan hệ không đúng mực, vị trí của ông sẽ được trao cho người chỉ huy tối cao của NATO, tuy nhiên ở thời điểm hiện tại thì Allen vẫn sẽ chỉ huy ISAF trong quá trình điều tra. Hiện Allen đã phủ nhận các cáo buộc nêu trên.
Bộ trưởng Quốc phòng Mỹ, Leon Panetta, cho biết FBI gọi đây là vấn đề của Lầu Năm Góc và rằng ông đã ra lệnh cho một cuộc điều tra của Lầu Năm Góc với Allen vào hôm thứ Hai vừa qua.
Được biết, trước đó Giám đốc CIA Petraeus đã phải từ chức vào thứ 6 tuần trước sau khi ông bị phát hiện có quan hệ bất chính với người viết tiểu sử cho mình là Paula Broadwell. Vụ việc đã được phát hiện trong một cuộc điều tra "quấy rối" e-mail được cho là gửi từ tài khoản email của Broadwell đến một người phụ nữ khác chính là Kelley.
Petraeus đã tiến hành thảo luận với Broadwell bằng cách giao tiếp thông qua tính năng bản nháp của email. Thay vì thực sự gửi email cho nhau, họ sẽ soạn tin nhắn trong một tài khoản nhưng không gửi đi, sau đó một người khác sẽ đăng nhập vào cùng một tài khoản để đọc bản thảo, điều này khiến các thông điệp khó bị theo dõi hơn.
