Đây được xem là trở ngại đầu tiên đối với máy quét vân tay, một tính năng được cho là đột phá nhất của Apple dành cho chiếc iPhone 5S của mình. Trong một cuộc phỏng vấn với tờ The Wall Street Journal, một phát ngôn viên của Apple cho biết cảm biến vân tay trên iPhone 5S sẽ rất "vất vã" khi ngón tay người dùng ra mồ hôi hoặc dính các chất lỏng khác.
Vì thiết bị này sử dụng một cảm biến vân tay điện dung, cho phép người dùng chỉ chạm vào nút Home nhiều lần, chứ không cần phải vuốt ngón tay như Motorola đã làm trên chiếc smartphone ATRIX 4G. Máy quét sử dụng cảm biến độ phân giải 500ppi với gác quét 360 độ, có thể nhận diện nhiều ngón tay chứ không chỉ một ngón cái. Công nghệ này được Apple ứng dụng để mở khóa iPhone, xác thực khi mua hàng trên iTunes và nhiều hơn nữa trong các giao dịch trực tuyến đòi hỏi tính xác thực cao.
Một khó khăn khác cũng được kể đến là các vết sẹo trên các ngón tay, nhưng điều đó không phải là vấn đề lớn vì chúng có thể được giải quyết bằng cách thay thế một ngón tay khác.
Các mẫu vân tay này được mã hóa và cất giữ bên trong bộ nhớ của chíp A7, chúng sẽ không được chia sẻ cho bất kỳ ứng dụng nào khác ngoài hệ thống, kể cả trên máy chủ Apple hay đưa lên iCloud.
