Kiến nghị về chính sách thuế cũng được đề cập khá rõ trong Báo cáo về các vấn đề chính sách thuế và hải quan của nhóm công tác VBF. Theo đánh giá của nhóm này, những năm gần đây Chính phủ Việt Nam cũng như các doanh nghiệp đang đối mặt với nhiều thách thức lớn sao cho hoạt động có hiệu quả, cạnh tranh được với các nước trong khu vực. Chính phủ Việt Nam và các bộ ngành thời gian qua đã ban hành mới hay bổ sung, sửa đổi rất nhiều quy định nhằm tháo gỡ khó khăn, hỗ trợ doanh nghiệp cũng như cải thiện mội trường đầu tư, tăng chỉ số cạnh tranh của Việt Nam, qua đó, thu hút các nhà đầu tư nước ngoài. Tuy nhiên, trên thực tế, việc vận dụng các quy định, chính sách ở các địa phương vẫn còn tồn tại một số khó khăn, bất cập, chưa thực sự tạo điều kiện thuận lợi, sự bình đẳng cho các nhà đầu tư trong và ngoài nước.

Cũng tại Diễn đàn Doanh nghiệp Việt Nam, TS Vũ Tiến Lộc, Chủ tịch Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đã chia sẻ những con số đáng suy nghĩ trong quản lý thuế. Theo ông Lộc, các thủ tục hành chính thuế có sự cải thiện, dễ thực hiện nhất là thủ tục nộp thuế, khó thực hiện nhất là thủ tục hoàn thuế và đề nghị miễn giảm thuế. Tỉ lệ doanh nghiệp khai thuế điện tử lên đến 98,4%. Tuy nhiên, hoạt động thanh kiểm tra thuế vẫn chưa được cải thiện nhiều, vẫn có 33% doanh nghiệp cho rằng cán bộ suy diễn bất lợi cho doanh nghiệp và 30% doanh nghiệp cho biết tồn tại chi phí không chính thức khi thanh kiểm tra thuế.

Theo ông Wayne Barford, Cố vấn Cấp cao của Trung tâm Thuế và Đầu tư Quốc tế, Cựu trợ lý Ủy viên Sở Thuế vụ Úc, một chuyên gia có rất nhiều kinh nghiệm quốc tế về các vấn đề thuế đã chia sẻ những quy tắc quốc tế về giao dịch độc lập và giao dịch liên kết. Theo ông Wayne, chuyển giá được định nghĩa là các quy tắc và phương pháp định giá cho các giao dịch nội bộ và giữa các doanh nghiệp thuộc cùng một hệ thống sở hữu hoặc kiểm soát. Do những giao dịch liên kết xuyên biên giới có thể làm thay đổi thu nhập chịu thuế, các cơ quan thuế ở nhiều quốc gia có thể áp dụng những phương pháp xác định giá khác với những phương pháp thông thường dựa trên giá thị trường giữa những doanh nghiệp độc lập.

Ông Takahisa Onose, Đại diện Nhóm Công tác Thuế & Hải quan cũng chia sẻ về vấn đề này trong phiên họp giữa kỳ Diễn đàn Doanh nghiệp Việt Nam 2019. Theo ông, Việt Nam có thể giải quyết vấn đề thiếu rõ ràng trong cách thức xử lý giao dịch của bên liên quan bằng cách cung cấp hướng dẫn liên quan đến Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA), theo đó doanh nghiệp có thể cung cấp cơ sở định giá của bên liên quan cho cơ quan thuế phê duyệt trước khi thực hiện giao dịch. Các thỏa thuận này giúp đảm bảo chắc chắn cho doanh nghiệp đồng thời mang lại hiệu quả cao cho chính phủ. Bên cạnh đó, cũng cần tạo niềm tin cho các nhà đầu tư rằng khi phải đối mặt với những thách thức và cơ hội từ các mô hình kinh doanh và giao dịch mang tính đổi mới và phức tạp, cơ quan thuế Việt Nam sẽ có cơ chế chính sách công bằng và hợp lý trên cơ sở tôn trọng các nguyên tắc cốt lõi. Áp dụng các nguyên tắc thuế cốt lõi cho những vấn đề như khấu trừ chi phí hợp lý, ghi nhận doanh thu, định giá mua bán ngoài cho những giao dịch liên quan đến các khu vực tài phán có thuế suất khác… sẽ giúp củng cố niềm tin rằng cơ quan thuế đã và đang tích cực tiếp thu và hoàn thiện.

Bà Hương Vũ, Phó Tổng Giám đốc Ernst & Young Việt Nam đã chỉ ra hai mặt khác khau của vấn đề chuyển giá, đó là "lạm dụng chuyển giá nhằm chuyển lợi nhuận" và "hoạt động chuyển giá tuân thủ các quy định pháp luật của Việt Nam và thông lệ quốc tế". Bà Nguyễn Vân Chi, Uỷ viên thường trực Uỷ ban Tài chính Ngân sách cho rằng chuyển giá là hiện tượng xảy ra ở cả các công ty đa quốc gia khi vào Việt Nam cũng như cả các tổng công ty trong nước. Theo bà Chi, cần phải làm rõ những hoạt động chuyển giá như thế nào là chuyển giá nhằm chuyển lợi nhuận về nơi có chế độ thuế thấp hơn để lợi dụng tránh thuế. Ông Nguyễn Văn Toàn, Phó Chủ tịch Hiệp hội Doanh nghiệp Đầu tư nước ngoài chia sẻ thêm: "Chính phủ và cộng đồng cần có một cái nhìn toàn diện và khách quan hơn về hoạt động kinh doanh của những doanh nghiệp có giao dịch liên kết, đặc biệt là về những giao dịch nội bộ hợp pháp giữa các doanh nghiệp trong những tập đoàn đa quốc gia, để tránh tạo ra những ảnh hưởng tiêu cực đối với môi trường đầu tư tại Việt Nam".

Hiện pháp luật Việt Nam chỉ có Nghị định 20/2017-NĐ-CP quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, trong đó vẫn còn nhiều bất cập và đang được xem xét để sửa đổi, điều chỉnh với điều kiện thực tế. Vì vậy, hiện vẫn còn rất khó khăn cho các cơ quan chức năng và doanh nghiệp để xác định các trường hợp như thế nào là chuyển giá, đặc biệt tại những thị trường đang phát triển như Việt Nam. Vì vậy, việc hoàn thiện hệ thống pháp luật để quản lý thuế đối với các doanh nghiệp có giao dịch liên kết phù hợp với các thông lệ quốc tế là vô cùng quan trọng để đảm bảo tính minh bạch và ổn định của môi trường đầu tư, giúp các nhà đầu tư nước ngoài yên tâm khi đầu tư vào thị trường Việt Nam.