Tuy nhiên, nhiều xe dù hay các loại xe hợp đồng "núp bóng" vẫn hoạt động tại một số tuyến đường quanh khu vực Bến xe Miền Đông cũ và trên một số tuyến đường gần đó, bất chấp lực lượng chức năng ra quân dọn dẹp, xử phạt nghiêm. Các khu vực xung quanh Bến xe Miền Đông mới cũng đã manh nha xuất hiện tình trạng xe dù lén lút hoạt động.
Để chấm dứt các hoạt động của xe dù, bến cóc, lực lượng chức năng cần thường xuyên ra quân, kiểm tra, xử phạt nghiêm. Cần xem xét sửa đổi, bổ sung những quy định hiện hành, tăng nặng mức phạt bằng tiền và tước bằng lái có thời hạn đối với tài xế vi phạm.
Đối với xe dù, bến cóc dù đã bị lực lượng chức năng lập biên bản, xử phạt vi phạm hành chính nhưng vẫn tiếp tục tái phạm, cần xem xét khởi tố, truy cứu trách nhiệm hình sự.
Ngoài ra, khi Bến xe Miền Đông mới đã đi vào hoạt động ổn định, hệ thống giao thông công cộng đã được kết nối thông suốt và thuận tiện cho hành khách, cơ quan chức năng cũng cần nghiên cứu có những quy định cũng như chế tài xử phạt vi phạm hành chính đối với hành khách đón và đi trên những chuyến xe dù, bến cóc. Việc này không chỉ bảo đảm quyền lợi cũng như an toàn cho hành khách mà còn nâng cao nghĩa vụ, trách nhiệm của họ trong những chuyến đi của mình, "đi đúng nơi, đúng bến". Có như vậy mới có thể tiến tới chấm dứt hoạt động đón trả trái phép của xe dù, bến cóc, bảo đảm trật tự an toàn giao thông.